塩基配列やIDを取得したい

番組タイトル 概要 作成日
GeneStudioを使って塩基配列をアセンブルする 複数の波形データ(ABI)のアセンブル方法 2013.12.18
Open Refine(旧Google Refine)の使い方 〜応用編・TogoWS RESTを活用する〜 遺伝子のアノテーションを一括取得する 2013.5.30
ESTデータベース Entrez Unigeneを使って遺伝子の配列情報を取得する EST配列の取得 2013.5.23
KazusaMart を使い倒す~塩基配列を入手する~ シアノバクテリア由来塩基配列をまとめて取得 2010.2.4
UCSC genome browserの使い方~配列取得編~2013 UCSC Genome Browserで遺伝子を検索し、その遺伝子の詳細情報とその配列の取得方法の説明 2013.11.13
BioMartを使い倒す~遺伝子の上流配列を取得する~2012 目的遺伝子の上流配列から指定して塩基配列を取得 2012.7.20
Ensembl tips ~配列を取得する~ 2011 ウェブ上での塩基配列取得 2011.4.13
ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒す 2011 EST配列の取得 2011.3.2
BLAST 検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する BLASTの問い合わせ配列と類似性のある配列群をまとめて取得 2007.9.26
遺伝子のRefSeq IDを調べる 2011 目的遺伝子のRefSeq ID取得 2011.2.18
BioMart を用いて Affymetrix と Agilent のマイクロアレイのプローブ ID 対応表を作成する 2011 BioMart を用いてAffymetrix と Agilent のプローブ ID 対応表を作成する 2011.2.24
BioMartを使ってさまざまなIDの変換対応表を作成する BioMartを使ってさまざまなIDの対応表を作成する 2011.9.27
Biomart v0.8を使ってIDから遺伝子情報を取得する IDから遺伝情報を取得する。及び新機能の説明 2012.1.27

似ている配列があるか調べたい

番組タイトル 概要 作成日
MiGAP の使い方~導入と基本操作~ 原核生物ゲノムアノテーションパイプライン 2010.6.24
NCBI BLASTの使い方 ~基本編~ 2010 問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索 2009.6.12
KazusaMart を使い倒す~オーソログ一覧を作成する~ シアノバクテリア由来光合成遺伝子のオーソログ一覧取得 2010.2.16
Trace Archiveを使い倒す ゲノム配列未決定の生物種の断片的な配列を検索 2009.7.17
新たなる有用遺伝子候補を探索する 機能に関する情報が記載されていないままの塩基配列を検索 2008.7.15
機能既知遺伝子をデータベースから検索する(1/3 ARSA による既知遺伝子の検索) データベース上から機能既知遺伝子を検索 2008.6.11
PSIBLASTで類縁の配列を調べ倒す 2011 BLASTで検出されない類似性の低い配列を検索 2011.6.7
オーソログDB Inparanoidの使い方 オーソログ検索および詳細情報取得 2012.6.12
GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索する あらゆるキーワードから転写産物の情報(RefSeq)を検索する 2012.1.24
GGRNA: search engine for genes and transcripts Lets search RefSeq transcripts. 2012.2.15
高速配列検索 GGGenome《ゲゲゲノム》の使い方 問い合わせ配列をゲノムまたは転写産物配列のデータベースから高速に検索 2013.10.25

自分のマシンでBLAST検索をする

番組タイトル 概要 作成日
Local BLAST の使い方~導入・準備編(MacOSX版)~ 2011 BLASTプログラムのインストールおよび検索用データベース作成(MacOSX版) 2011.6.8
Local BLAST の使い方~検索実行・オプション編(MacOSX版)~ 2011 BLAST検索の実行方法および検索結果の絞込みと表示形式の変更(MacOSX版) 2011.4.20
Local BLAST の使い方~導入・準備編~ 2011 BLASTプログラムのインストールおよび検索用データベース作成(Windows版) 2011.1.19
Local BLAST の使い方~検索実行・オプション編~ 2011 BLAST検索の実行方法および検索結果の絞込みと表示形式の変更(Windows版) 2011.2.25

塩基配列の比較や系統樹を描きたい

番組タイトル 概要 作成日
MAFFTを使ってマルチプルアラインメントを行う MAFFTによる塩基配列を用いた多重アラインメント実行と系統樹作成 2015.4.13
Jalviewを使って配列解析・系統樹作成をする 2013 Jalviewを用いた分子系統樹の作成方法 2013.7.5
DAVIDの使い方 実践編 マイクロアレイから得られたデータを解析する 2013.5.28
CLC Sequence Viewerを使い倒す~配列入手から系統樹作成まで~ 入手した配列によるマルチプルアラインメント作成および系統樹作成 2010.4.5
BioMart を使い倒す 比較ゲノミクス編 二つの生物種の対応するデータ取得 2012.6.28
Ensembl tips 配列の比較をする 2011 ヒトADIPOQ遺伝子の他生物間ゲノム比較 2011.9.16
Ensembl tips ~塩基配列のアラインメントを作成する~2009 塩基配列を対象としたマルチプルアラインメント作成 2009.2.20
機能既知遺伝子をデータベースから検索する(3/3 TreeViewによる系統樹作成) Tree Viewを用いた系統解析データからの系統樹作成 2008.6.13
機能既知遺伝子をデータベースから検索する(2/3 ClustalWによる系統解析) ClustalWを用いた系統樹作成用のマルチプルアラインメントデータの作成 2008.6.12
Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行う 塩基配列を用いた多重アラインメント実行と系統樹作成 2015.3.16
MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をする MEGAを用いていくつかの遺伝子の多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法 2011.7.5
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~アラインメント編~ DBCLS Galaxy EMBOSSのアラインメントツール(needle, water, wordmatch)を用いた塩基配列比較 2012.6.15

SNP(一塩基多型)を調べる

番組タイトル 概要 作成日
Spotfireを用いたSNP解析における頻度差の可視化 複数の集団でタイピングされたSNPの多型頻度の集団による違いをプロットによって視覚化 2009.9.5
Entrez SNP を使い倒す(後編)下戸遺伝子の多型をさぐる ALDH2の点突然変異をもたらすSNPの検索 2009.6.30
Entrez SNP を使い倒す(前編)PubMed/OMIMへの扉をひらく 基本的な検索例およびPubMed・OMIMとの連携 2009.6.22
HapMapを使い倒す 鎌状赤血球のSNPをさぐる 鎌形赤血球症をもたらすSNPの検索 2009.5.11

配列解析パッケージEMBOSSで塩基配列を処理する

番組タイトル 概要 作成日
EMBOSS restrict,remapを使い倒す 塩基配列中の制限酵素切断部位の検索および翻訳配列の表示 2010.2.26
EMBOSS showalignを使い倒す マルチプルアラインメントの装飾 2009.12.18
EMBOSS wordmatcherを使い倒す 二配列間の同一部分表示 2009.11.12
EMBOSS waterを使い倒す Smith-Watermanのアルゴリズムによる二配列間のマルチプルアラインメント作成ツール 2009.11.6
EMBOSS emmaを使い倒す 多重マルチプルアラインメント作成ツール 2009.10.30
EMBOSS needleを使い倒す Needleman-Wunschのアルゴリズムによる二配列間のマルチプルアラインメント作成ツール 2009.9.24
EMBOSS dottupを使い倒す ドットプロットの作成 2009.9.18
EMBOSS mergerを使い倒す 塩基配列の重なりから二配列を連結して表示 2009.9.4
EMBOSS sixpackを使い倒す 塩基配列を6つの読み枠別にアミノ酸に変換 2009.8.21
EMBOSS geeceeを使い倒す 塩基配列中のGC含量計算 2009.7.25
EMBOSS prettyseqを使い倒す 塩基配列を翻訳領域で指定してアミノ酸に変換 2009.7.24
EMBOSS fuzznucを使い倒す 塩基配列および相補配列から特定の配列パターンを検索 2008.12.06
EMBOSS backtranseqを使い倒す アミノ酸から塩基配列に変換 2008.11.30
EMBOSS revseqを使い倒す 塩基配列を逆相補配列・逆配列・相補配列に変換 2008.11.29
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~配列変換編~ 塩基配列から逆相補配列、逆配列、相補配列、アミノ酸配列に変換、またアミノ酸配列から塩基配列に変換。 2012.5.25
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~配列検索編~ DBCLS Galaxy EMBOSSのアラインメントツール(fuzzpro, fuzznuc, fuzztran)を用いた配列検索 2012.8.21
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~ドットプロット編~ DBCLS Galaxy EMBOSSのアラインメントツール(dottup, dotpath, dotmatcher, polydot)を用いたドットプロットの作成 2012.8.27
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~アラインメント編~ DBCLS Galaxy EMBOSSのアラインメントツール(needle, water, wordmatch)を用いた塩基配列比較 2012.6.15

CLC Bio社のツールを用いる

番組タイトル 概要 作成日
CLC Sequence Viewerを使い倒す~導入から基本操作まで~ CLC Sequence Viewerのインストールおよび配列情報の管理方法 2010.3.2
CLC Sequence Viewerを使い倒す~配列入手から系統樹作成まで~ CLC Sequence Viewerを用いて配列入手からマルチプルアラインメントの作成と系統樹の描写・画像出力 2010.4.5
CLC Sequence Viewerを使い倒す~外部データの取り込みから制限酵素切断地図の作成まで~ CLC Sequence Viewerの制限酵素切断部位検索機能を用いてヒトFerrochelataseの制限酵素切断地図を作成し、画像として外部出力する方法 2010.5.10
CLC Workbench シリーズの使い方~導入方法編~ CLC Workbench シリーズの導入方法 2011.5.28
CLC Workbench シリーズの使い方 ~基本操作編~ CLC Workbenchの基本的な操作方法 2011.6.27
CLC Genomics Workbench でショートリードのマッピングを行う CLC Genomics Workbenchを用いてショートリードのマッピングをする方法 2011.6.28

ゲノムに関するプロジェクトを調べる

番組タイトル 概要 作成日
GOLD -Genomes Online Database- の使い方 ゲノムプロジェクトやメタゲノムプロジェクトについて調べる 2015.5.15
NCBI BioProjectの使い方 ゲノムに関する様々なプロジェクトを調べる 2011.8.5

核酸の二次構造を予測する

番組タイトル 概要 作成日
CentroidFoldを使ってRNAの2次構造を予測する CentroidFoldの基本的な使い方とオプションについての説明 2011.9.14
mfoldを使って核酸の二次構造を予測する~基本操作編~ RNAの二次構造を計算して予測し、図で見る 2011.10.24
mfoldを使って核酸の二次構造を予測する~応用編~ 計算された構造を解析するのに役立つ値の説明、構造の描画の際に見やすくするための方法。またDNA mfold、Quikfoldの解説。 2012.10.25

遺伝子コード領域の予測

番組タイトル 概要 作成日
NetStartを使って開始コドンを予測する 遺伝子をコードしている領域が分からない塩基配列を入力し、開始コドン(ATG又はAUG)を予測 2011.12.16

ゲノムビューワ

番組タイトル 概要 作成日
Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜 IGVでSAM形式やBAM形式のマッピングデータを可視化する 2014.7.11
Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜基本編〜 IGV(スタンドアローンで動くゲノムビューワ)の基本的な使い方 2014.5.29