学会講演・講習会

DBCLSの提供する各種サービスを使い倒したいとき
統合データベース講習会AJACSやその他学会、シンポジウムの講演動画を見たいとき

遺伝子・タンパク質発現を網羅的に調べたい

番組タイトル 概要 作成日
TargetMineの使い方〜リスト検索・クエリビルダ編〜 疾患関連遺伝子、相互作用、転写因子などの創薬研究のキーとなるデータから、効率的に知識発見 2015.3.6
TargetMineの使い方 〜キーワード・テンプレート検索編〜 疾患関連遺伝子、相互作用、転写因子などの創薬研究のキーとなるデータから、効率的に知識発見 2015.2.5
The Human Protein Atlasでヒトのタンパク質の発現情報を画像データとともに調べる ヒト組織・ガン細胞・細胞株におけるタンパク質・RNAの発現情報を様々な画像データとともに見る 2015.2.4
Arabidopsis eFP Browser でシロイヌナズナの遺伝子発現情報を見る Arabidopsis eFP Browserの使い方 2014.3.1
RefExの使い方 RefExの基本的な使い方 2014.2.22
Human Brain Transcriptomeを使ってヒトの脳の発達に関する時空間トランスクリプトームを見る ヒトの脳の発達おける時空間的なトランスクリプトームの解析 2013.9.9
GeneSigDBを使って ある生命現象を特徴づける遺伝子セットを検索・比較する gene signatureの検索・比較するGeneSigDBの使い方  2013.7.17
遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す 2012 ヒト・マウス・ラットの組織・細胞における遺伝子発現プロファイルのデータベース 2012.9.11
NCBI GEOの使い方5~GEO2Rを使う~ マイクロアレイ実験データを、データ解析環境Rをベースにして解析するGEO2Rの解説 2012.5.24
NCBI GEOの使い方4~データセットブラウザの使い方2~ 2012 データ解析ツールを用いた目的遺伝子の検索。クラスタリング結果の閲覧、統計解析、発現分布の見方 2012.2.27
ArrayExpressを使い倒す2 Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる 目的遺伝子の発現状況を分かりやすく閲覧する 2012.2.18
ArrayExpressを使い倒す1 データの検索方法および生データのダウンロード方法 2012 主にマイクロアレイ実験由来の発現データの取得・検索 2012.2.17
Human Protein reference databaseを使ってヒトタンパク質の情報を調べる Query、Browse、Blastを利用してタンパク質情報を検索する 2012.2.16
NCBI GEOの使い方3~データセットブラウザの使い方1~ 2012 実験データセットにおける遺伝子発現を調べる 2012.1.28
NCBI GEOの使い方2~遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得~ 興味のある遺伝子のプロファイルを検索および実験データの正規化されたファイルの取得方法 2011.10.20
BrainStarsを使ってマウスの脳の各部位における遺伝子の発現量を調べる マウス脳の包括的な遺伝子発現(マイクロアレイ)データベース 2011.10.11
Allen Brain Atlasを使い倒す〜基本編〜 2011 マウス脳での遺伝子発現データベースの基本的な使い方 2011.9.28
NCBI GEOの使い方1~マイクロアレイデータの検索・取得~ 2011 目的のマイクロアレイ実験データセットへのアクセス方法および生データ取得方法 2011.7.11
Cell Montage を使って遺伝子発現プロファイルを検索する 遺伝子発現データベースから発現パターンの類似した細胞や組織を検索するCell Montageの使い方 2011.4.26
NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)にマイクロアレイデータを登録(Submit)する 自分のマイクロアレイデータをNCBI GEOに登録する方法 2011.4.22
ESTデータベース Entrez UniGeneを使い倒す 2011 遺伝子のESTデータベースであり、様々な遺伝子のEST配列を取得することができるUniGeneの紹介 2011.3.2
Human Protein Atlasを使って組織・細胞におけるタンパク質発現情報を調べる 2011 ヒト組織・ガン細胞・細胞株におけるタンパク質の発現情報 2011.1.13
はじめてのRefEx(Reference Expression dataset) RefExの基本的な使い方 2010.6.18
Ensembl Tips 〜ArrayExpress の遺伝子発現情報を表示する〜 ArrayExpressのデータをEnsemblに表示する方法 2010.5.13
UCSC VisiGeneの使い方 in situハイブリダイゼーションの画像データの検索・閲覧 2010.4.16
遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010 NCBI GEOのデータの全容を俯瞰するための仕組み 2010.3.26
UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する 目的遺伝子周辺および遺伝子同士の関連性をリストアップしまとめてIDや配列を取得 2009.11.5
Allen Brain Atlasを使い倒す〜応用編〜 マウス脳での三次元遺伝子発現マップ構築および複数データの閲覧 2009.7.19
GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる マウス発生過程の遺伝子発現局在を組織切片画像から検索 2009.6.13
ATTEDIIを使い倒す シロイヌナズナの遺伝子発現データから機能や共発現遺伝子などを検索 2009.5.22
植物ESTボディーマップを使い倒す ESTによる植物の器官別遺伝子発現量推測 2009.3.28
NCBI GEOの使い方3 データセットブラウザを使い倒す 一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現情報の解析方法 2009.2.21
ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他 染色体領域からヒト遺伝子発現データを調べる 2009.2.18
BodymapXSを使い倒す 分類学と解剖学による動物のESTデータベース 2009.2.10
ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す 解剖学的手法に基づくヒト遺伝子発現データを調べる 2009.2.4

DBCLSサービス

統合ホームページ (LSDB)

番組内容 概要 作成日
統合TV プロモーションムービー 統合TVのプロモーションムービー 2013.11.28
統合ホームページへようこそ 2009 統合データベースプロジェクトホームページの紹介 2009.5.30

ポータル

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番組タイトル 概要 作成日
生命科学系データベースカタログを使い倒す 2009 国内外のデータベースを目的や対象、生物種などに分類したデータベース 2009.5.23
生命科学 学協会 カタログを使い倒す 生命科学に関連した様々な学協会のカタログやホームページを閲覧 2009.6.12
生物アイコンを使い倒す 2009 真正細菌から動植物を含む200種類以上の生物種のアイコン(イラスト)集 2009.1.30
WINGproを使ってバイオ分野の多様なデータベースを知る データベースの構築法による分類と生物種および対象によって分類されたデータベース 2008.1.10

検索

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番組タイトル 概要 作成日
蛋白質核酸酵素全文検索を使い倒す 蛋白質核酸酵素のバックナンバーを検索 2009.9.11
文科省「ゲノム」研究報告書全文検索を使い倒す 2012 ゲノム特定領域で公開された報告書データを検索 2012.9.12
OReFiLを使い倒す 2010 ライフサイエンス分野の論文に記載されているデータベースやツールを検索 2010.3.5
Allieを使って略語の正式名称を検索する 2010 略語の正式名称を検索 2010.8.31
inMeXesを使い倒す 文献中に出現する英語表現を軽快に検索 2009.12.16
生命科学データベース横断検索を使い倒す 2011 DBCLSの提供するデータベースや生命科学系データベースを一度に横断的に検索する 2011.2.23
GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索する キーワードから遺伝子を検索する 2012.1.24
GGRNA: search engine for genes and transcripts Lets search RefSeq transcripts. 2012.2.15

アーカイブ

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番組タイトル 概要 作成日
生命科学系データベースアーカイブの使い方 国内のデータセットを再利用しやすい形で維持保管し、他のユーザが検索・取得しやすくするサービス 2010.8.20
公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法 次世代シークエンサーからの出力データの登録方法 2010.9.29

ツール・解析サービス

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番組タイトル 概要 作成日
DBCLS Galaxyを使って遺伝子の上流配列に存在する転写因子の予測結合領域を調べる DBCLS Galaxyを用いて特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流配列の共通領域を検索する 1013.7.29
difff《デュフフ》を使って文章の変更箇所を調べる diffコマンドを使った比較結果をWeb上に表示するツール 2013.8.28
BodyParts3D/Anatomography の使い方 〜操作編〜 人体各部位の位置や形状の表示・3Dモデル図の構築 2010.8.3
Wired-Markerを使いこなす Webページへのマーキングによる情報収集ツール 2008.5.12
MiGAPの使い方〜導入と基本操作〜 原核生物ゲノムアノテーションパイプライン 2010.6.24
Galaxyを使い倒す-あるIDに対応する別のIDをデータに付加する&解析結果・方法を共有する ゲノムスケールデータの統合解析ツール 2009.3.10
BodyParts3D/Anatomographyの使い方~基本編~ BodyParts3D/Anatomographyの基本的な操作方法 2011.11.30
BodyParts3D/Anatomographyの使い方~実践編~ 臓器の位置関係を調べる 臓器を様々な角度から見たり、臓器の検索をしたり、大きさや位置を確認する 2011.12.18
BodyParts3D/Anatomographyの使い方~実践編~ 3D画像の作成 臓器の色や透明度、見る角度を変更する 2012.12.19
BodyParts3D/Anatomographyの使い方~実践編~ 人体ヒートマップの作成 臓器別に取得された数値データを色情報に変換し、人体ヒートマップを作成 2012.12.23

基盤技術開発

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番組タイトル 概要 作成日
TogoDBの使い方 〜自分のデータベースを作る〜 自身が保有するデータを用いたデータベース構築 2010.8.7
TogoWS RESTサービスを使い倒す URLにデータベース名やエントリを追加するだけで情報を取得できる仕組み 2009.6.12
統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する 2010 OpenIDの取得およびDBCLS提供サービスへのログイン方法 2010.2.25
文献管理システム TogoDocの使い方 登録、検索、タグ管理、文献の推薦といったTogoDocサービスの基本的な操作について 2011.3.28

教材・人材育成

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番組タイトル 概要 作成日
統合TVの使い方 2009 統合TV内での番組検索の方法 2009.10.16
統合TVを iTunesで見る 2010 videocastを用いた統合TVの視聴 2010.3.23
統合TVの作り方 in Camtasia Studio7 ~撮影編~ Camtasia Studio(カムタジアスタジオ)7を用いた動画の撮影方法 2012.2.20
統合TVの作り方 in Camtasia Studio7 ~編集編~ Camtasia Studio(カムタジアスタジオ)7を用いた動画の編集方法 2012.2.21
統合TVの作り方(MacOSX版) MacOSX環境でのDesktopToMovieを用いた番組の撮影・編集 2008.7.9
統合TV Curatedを使い倒す 統合TVの番組の情報をうまくまとめられた統合TV Curatedの紹介 2011.4.6

データベース

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番組タイトル 概要 作成日
DNAデータベース総覧と検索を使い倒す〜基本編 国際DNAバンクを横断しゲノムデータを取得 2009.10.22
DNAデータベース総覧と検索を使い倒す〜配列検索編 DNAデータベースに対して一度に配列検索し結果を分類 2009.10.31
遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010 NCBI GEOのデータの全容を俯瞰するための仕組み 2010.3.26
KazusaMartを使い倒す〜塩基配列を入手する〜 シアノバクテリアのゲノム情報に特化した情報統合型データベース 2010.2.4
SNP control databaseの使い方 一塩基多型(SNPs)のデータベース 2010.8.14
Case Control GWAS Databaseの使い方 アレル頻度や遺伝子型頻度情報や遺伝統計学的な手法を用いたモデル適用の結果を視覚化したデータベース 2010.9.28
CNV Control Databaseの使い方 コピー数多型の位置情報データベース 2010.10.7
tRNAデータベース『tRNADB-CE』の使い方 広範囲な生物ゲノムを対象としたtRNAデータベース 2008.12.11
JCGGDBの使い方 糖鎖に関係するさまざまなデータベースを集めたウェブページ 2010.6.22
生体分子の熱力学・構造データベースProTherm&ProNITの使い方 タンパク質の野生型と変異体の熱力学的性質およびタンパク質と核酸の熱力学的性質をまとめたデータベース 2010.7.20

EMBOSS

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番組タイトル 概要 作成日
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~ドットプロット編~ ドットプロットの作成に関わるツール 2012.8.27
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~配列検索編~ 塩基配列、アミノ酸配列の検索に関わるツール 2012.8.21
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~アラインメント編~ アラインメントに関わるツール 2012.6.15
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方~配列変換編~ 塩基配列、アミノ酸配列の変換に関わるツール 2012.5.25
EMBOSS pregを使い倒す 正規表現を用いたアミノ酸配列検索 2010.11.25
EMBOSS restrict,remapを使い倒す 塩基配列中の制限酵素切断部位の検索および翻訳配列の表示 2010.2.26
EMBOSS showalignを使い倒す マルチプルアラインメントの装飾 2009.12.18
EMBOSS wordmatcherを使い倒す 二配列間の同一部分表示 2009.11.12
EMBOSS waterを使い倒す Smith-Watermanのアルゴリズムによる二配列間のマルチプルアラインメント作成ツール 2009.11.6
EMBOSS emmaを使い倒す 多重マルチプルアラインメント作成ツール 2009.10.30
EMBOSS needleを使い倒す Needleman-Wunschのアルゴリズムによる二配列間のマルチプルアラインメント作成ツール 2009.9.24
EMBOSS dottupを使い倒す ドットプロットの作成 2009.9.18
EMBOSS mergerを使い倒す 塩基配列の重なりから二配列を連結して表示 2009.9.4
EMBOSS sixpackを使い倒す 塩基配列を6つの読み枠別にアミノ酸に変換 2009.8.21
EMBOSS geeceeを使い倒す 塩基配列中のGC含量計算 2009.7.25
EMBOSS prettyseqを使い倒す 塩基配列を翻訳領域で指定してアミノ酸に変換 2009.7.24
EMBOSS fuzznucを使い倒す 塩基配列および相補配列から特定の配列パターンを検索 2008.12.6
EMBOSS backtranseq アミノ酸から塩基配列に変換 2008.11.30
EMBOSS revseqを使い倒す 塩基配列を逆相補配列・逆配列・相補配列に変換 2008.11.29

学会・シンポジウム講演

The Galaxy Workshop Tokyo 2015 Apr 28, 2015

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講演タイトル 講演者
Hands-on: Community Galaxy の紹介とインストール 大田 達郎 (ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) )
生命科学の基盤となるデータサイエンス 油谷 浩幸 (東京大学 先端科学技術研究センター)
Community Galaxy の紹介 山中 遼太 (東京大学 先端科学技術研究センター )
The Galaxy Ecosystem Dave Clements (ジョンズ・ホプキンス大学)
Galaxy ワークフローの紹介 (RNA-seq 01) 芳村 美佳 (理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット)
Galaxy ワークフローの紹介 (RNA-seq 02) 中岡 慎治 (理化学研究所 統合生命医科学研究センター)
Galaxy ワークフローの紹介 (CAGE 01) 那須野 淳 (株式会社アスケイド)
Pitagora-Galaxy with ChIP-seq 仲木 竜 (東京大学 先端科学技術研究センター)
Galaxy ワークフローの紹介 (BS-seq 01) 齋藤 裕 (産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター)
Galaxy ワークフローの紹介 (Variant Calling 01) 新海 典夫 (産業技術総合研究所 創薬基盤研究部門)
Galaxy ワークフローの紹介 (Variant Calling 02) 池田 誠 (合同会社パーシピア)
Galaxy ワークフローの紹介 (Variant Calling 03) 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
The Australian Genomic Virtual Lab Andrew Lonie (The VLSCI Life Science Computation Centre (LSCC) )
AWS クラウド上で Galaxy を利用する 吉荒 裕一 (アマゾン データ サービス ジャパン株式会社)
高性能PCクラスタ上で Galaxy を利用する 内田 智博 (株式会社ナベ インターナショナル)
Garuda - The way biology connects Nikos Tsorman (システム・バイオロジー研究機構)
illumina BaseSpace の紹介と最新情報 癸生川 絵里 (イルミナ株式会社)

NBDC / DBCLS BioHackathon 2014 symposium Nov 9, 2014

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講演タイトル 講演者
Introduction to the NBDC/DBCLS BioHackathon 2014 Toshiaki Katayama (Database Center for Life Science, Japan)
Introduction to the Tohoku Medical Megabank Organization and What is Happening in the Human Reference Genome? Masao Nagasaki (Tohoku Medical Megabank Organization, Japan)
Integrated database and knowledge database in prospective cohort study at the Tohoku Medical Megabank Project Soichi Ogishima (Tohoku Medical Megabank Organization, Japan)
Embracing Semantic Web at EMBL-EBI Simon Jupp (European Bioinformatics Institute, UK)
Identifiers.org: new services to support the Semantic Web community Sarala Wimalaratne (European Bioinformatics Institute, UK)
Introduction to BioJS Leyla Jael Garcia Castro (European Bioinformatics Institute, UK)
Construction of ortholog database using the Semantic Web technology Hirokazu Chiba (National Institute for Basic Biology, Japan)
Semantic integration of orthology resources: beyond the OGO experience Jesualdo Thomas Fernandez Breis (University of Murcia, Spain)
Text mining for ontology learning and matching Jung-Jae Kim (Nanyang Technological University, Singapore)
Rhea: a reactions database linking biology and chemistry Thierry Lombardot (Swiss Institute of Bioinformatics, Switzerland)
PRIDE and ProteomeXchange – Making proteomics data accessible and reusable Yasset Perez-Riverol (European Bioinformatics Institute, UK)
PubChemRDF: Towards a semantic (web) description of PubChem Evan Bolton (National Center for Biotechnology Information, US)

トーゴーの日シンポジウム2014 〜第2段階に入ったライフサイエンスデータベースの統合〜 Oct 5, 2014

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講演タイトル 講演者
第2段階を迎えたNBDC 高木 利久 (科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) センター長)
ゲノムと疾患・医薬品をつなぐ相互作用ユニットの知識ベース 金久 實 (京都大学化学研究所 特任教授)
個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース 徳永 勝士 (東京大学大学院医学系研究科 教授)
ヒトゲノム臨床応用研究に向けたオミクスデータ統合 菅野 純夫 (東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授 )
DBCLSにおけるデータベースRDF化への取り組みと今後の展望 山口 敦子 (ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任准教授)
微生物統合DB「MicrobeDB.jp」の超高度化推進 黒川 顕 (東京工業大学地球生命研究所 教授)
植物ゲノム情報の活用基盤の構築 田畑 哲之 (かずさDNA研究所 所長)
メタボロミクスの国際連携とデータ共有 有田正規 (理化学研究所環境資源科学研究センター チームリーダー)
表現型情報で生物をつなぐフェノーム統合データベース 桝屋 啓志 (理化学研究所バイオリソースセンター ユニットリーダー)
糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 木下 聖子フローラ (創価大学工学部生命情報工学科 教授)
生命動態システム科学のデータベースの統合化の現状と今後の展望 大波 修一 (理化学研究所生命システム研究センター チームリーダー)
PDBjとPDBj-BMRBにおける生体高分子の構造とダイナミクス情報 藤原 敏道 (大阪大学蛋白質研究所 教授)

第29回 DDBJing 講習会 in 三島 Jun 12, 2014

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講演タイトル 講演者
DDBJ, スパコンの紹介, 大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
公共データベースを使い倒した知のめぐりのよい生命科学研究 坊農 秀雅(ライフサイエンス統合データベースセンター)
NIG スーパーコンピュータの紹介 石川 直史(国立遺伝学研究所)
NBDCヒトデータベースを介したJapanese Genotype-phenotype Archive の
データ共有の審査過程と登録手続き(1)
箕輪 真理(JST バイオサイエンスデータベースセンター)
NBDCヒトデータベースを介したJapanese Genotype-phenotype Archive の
データ共有の審査過程と登録手続き(2)
児玉 悠一(DDBJ)
BioProject と BioSample の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
DDBJ Sequence Read Archive の紹介 古屋 典子(DDBJ)
Mass Submission System の紹介 李 慶範(DDBJ)
DDBJ Nucleotide Sequence Submission System の紹介 小菅 武英(DDBJ)

QMB2013 August 26-28, 2013

講演タイトル 講演者
Technology development of database integration to make sense of big data in lifescience Hidemasa Bono

NBDC / DBCLS BioHackathon 2013 symposium Jun 23, 2013

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講演タイトル 講演者
BioDBCore: Current Status and Next Developments
Pascale Gaudet
Identifiers.org: Practical Integration Nick Juty
Opportunities and Challenges in Nanopublishing Mark Thompson
The FANTOM5 project: Identifying the complete set of promoters used to define cellularity Hideya Kawaji
Towards Standardization of Annotation Representation for Text and Other Web Resources Karin Verspoor
Linking Text Mining Efforts to Semantic Web Jin-Dong Kim
Semantic Web Technologies in Proteomics. An EBI overview Antonio Fabregat
Tripling Bioinformatics Productivity Jerven Bolleman
Integration of Microbial Data Resources with Semantic Web Technologies Shuichi Kawashima
Introduction to the NBDC/DBCLS BioHackathon 2013 Toshiaki Katayama
Biohackathon 2013 Welcome address Michio Oishi

トーゴーの日シンポジウム2013 〜ここまできたライフサイエンスデータベースの統合〜 Oct 4-5, 2013

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講演タイトル 講演者
トーゴーの日シンポジウム2013 来賓挨拶 原山 優子(総合科学技術会議 議員)
ライフサイエンスデータベース統合推進事業のオーバービュー 高木 利久 (NBDC 副センター長)
生命科学におけるビッグデータとHPC 木寺 詔紀 (横浜市立大学生命医科学研究科 教授)
データベース統合の実現に向けて 基盤技術開発(I) 片山 俊明 (ライフサイエンス統合データベースセンター 特任助教)
PDBjとwwPDBにおける蛋白質構造データ統合化 中村 春木 (大阪大学蛋白質研究所附属蛋白質解析先端研究センター 教授・大阪大学理事補佐)
生命動態研究をデータベースで駆動する 大浪 修一(理化学研究所生命システム研究センター発生動態研究チーム チームリーダー )
オーダーメイド医療実現化プロジェクト(第3期)について 久保 充明 (理化学研究所統合生命医科学研究センター 副センター長)
大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築 松田 文彦(京都大学大学院医学研究科 教授)
ヒトゲノムバリエーションデータベースの進展 徳永 勝士 (東京大学大学院医学系研究科 教授)
アルツハイマー病の超早期治療と臨床・画像データベース 岩坪 威 (東京大学大学院医学系研究科 教授)
データベース統合の実現に向けて 基盤技術開発(Il) 岡本 忍(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
フェノタイプ情報の高度な活用によるバイオリソースの付加価値創造 豊田 哲郎 (理化学研究所情報基盤センター統合データベース特別ユニット ユニットリーダー)
糖鎖科学を整理し発信するための標準化と統合化〜その利用の実例を含めて 成松 久 (産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター センター長)
自分の健康を守るデータベース 金久 實 (京都大学化学研究所 特任教授)
メタボローム・データベース 金谷 重彦(奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 教授)
微生物統合データベース『MicrobeDB.jp』 黒川 顕 (東京工業大学地球生命研究所 教授)
植物ゲノム関連データの統合をめざすPlant Genome DataBase Japan 田畑 哲之 (かずさDNA研究所 所長)

BioJapan2012 主催者セミナー 「データベースが変えるバイオテクノロジー戦略 -ライフサイエンス・コモンズを目指して」 Oct 12, 2012

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講演タイトル 講演者
データベースが変えるバイオテクノロジー戦略-ライフサイエンス・コモンズを目指して「はじめに:セミナーの趣旨」 高木 利久(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授/科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 副センター長)
ヒトゲノムバリエーションデータベースが変える疾患研究戦略 徳永 勝士(東京大学 大学院医学系研究科 人類遺伝学教室 教授)
KNApSAcK Family DB: オミックス研究における医食同源の体系化 金谷 重彦(奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 教授)
創薬研究のための化合物管理システム 長洲 毅志(エーザイ株式会社 理事)

トーゴーの日シンポジウム2012 ~ライフサイエンスデータベース統合の医学への応用を探る~ Oct 5, 2012

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講演タイトル 講演者
がんゲノムのデータベース化と共有 柴田 龍弘 (国立がん研究センター研究所 がんゲノミクス研究分野 分野長)
KNApSAcKファミリーデータベース:メタボロミクスから展開する植物の多目的活用 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 教授)
まずは糖鎖研究に必要な技術開発、そして医療への応用−産総研糖鎖センターのこれまでの挑戦 成松 久 (産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター センター長)
KEGG MEDICUSと参加型医療 金久 實 (京都大学 化学研究所 特任教授)
脳疾患画像データベースの医学への応用:アルツハイマー病の治療をめざして 岩坪 威 (東京大学 大学院医学系研究科・神経病理学分野 J-ADNI 教授)

横浜市立大学大学院 生命ナノシステム科学研究科 生体超分子システム科学専攻 博士後期課程 講義「科学メディア講究」

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講演タイトル 講演者
Web時代における科学出版の現在と将来” 2013.1.30 飯田 啓介(DBCLS 特任研究員)
Webにおける科学出版と“編集” 2012.1.31 飯田 啓介(DBCLS 特任技術専門員)

第34回日本分子生物学会年会 フォーラム もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら Dec 15, 2011

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講演タイトル 講演者
学生と研究者のあいだ ~twitterで講演依頼をする方法~ 安西 高廣(名古屋大学大学院理学研究科物質理学専攻)
生存戦略、しましょうか ~或いは、最もスマートな研究職の探し方~~ 大田 達郎(ライフサイエンス統合データベースセンター)
いつも側にいるコラボレータ〜Google+を使った共同研究の進め方〜
二階堂 愛(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)

バイオインフォマティクス推進センター(BIRD)第8回研究成果報告会 「知識発見への挑戦~バイオインフォマティクスの飛躍に向けて~」 Nov 14, 2011

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講演タイトル 講演者
BIRDで感じた「創造」とは何か 勝木 元也 (JSTバイオインフォマティクス推進センター 統括 )
バイオインフォマティクス三題噺:フロンティア開拓、インフラ整備、人材育成 ーBIRDからNBDCへー 高木 利久 (JSTバイオサイエンスデータベースセンター 副センター長)

トーゴーの日シンポジウム2011 ~ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る~ Oct 5, 2011

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講演タイトル 講演者
開会の挨拶 川上 伸昭(科学技術振興機構 総括担当理事)
来賓の挨拶 本庶 佑 (内閣府総合科学技術会議 議員)
データベース統合に関わる基盤技術開発 坊農 秀雅 (情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
基調講演1 「Linked Open Data で広がるデータ統合」 萩野 達也 (慶応義塾大学 環境情報学部 教授)
基調講演2 「地球観測・予測データの統融合」 小池 俊雄 (東京大学大学院工学系研究科/東京大学地球観測データ統融合連携研究機構 教授)
4省連携の活動紹介 高木 利久 (バイオサイエンスデータベースセンター 副センター長)
共催講演「『画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベース』の試み」 伊藤 剛 (農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター ゲノムインフォマティクスユニット ユニット長)
ヒトゲノムバリエーションデータベースの開発 徳永 勝士 (東京大学 大学院医学系研究科 教授)
大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築 松田 文彦 (京都大学 大学院医学研究科 教授)
微生物エンサイクロペディアの構築に向けて 黒川 顕 (東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授)
ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 田畑 哲之 (かずさDNA研究所 副所長)
閉会の挨拶・まとめ 高木 利久 (バイオサイエンスデータベースセンター 副センター長)

EBI Roadshow Sep 5-6, 2011

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講演タイトル 講演者
EBI Roadshow at DBCLS - Access to Genes and Genomes with Ensembl Jana Vandrovcova
EBI Roadshow at DBCLS - Transcriptomics and Pathways James Watson

BioHackathon 2011 symposium Aug 21, 2011

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講演タイトル 講演者
Introduction to the NBDC/DBCLS BioHackathon 2011 Toshiaki Katayama
The Program Concerning Technology Development for Database Integration Atsuko Yamaguchi
SPARQLing UniProt RDF: Using RDF based technologies to aid biological curation efforts
Jerven Bolleman
BioMart introduces semantic-web querying to federated biomedical-scale databases Joachim Baran
Biomedical semantics in the Semantic Web Andrea Splendiani
From Triples to Axioms: On the Path to Formalizing Scientific Knowledge Michel Dumontier
The EDAM ontology of data and methods, and BioXSD Matus Kalas
NCBO Web services and the Development of Semantic Applications Trish Whetzel
RDF Foundry - a call for a community effort to harmonize triple store practices Vladimir Mironov
BioSharing: data sharing standards, resources and cooperating procedures Susanna Sansone
ISA infrastructure: collecting and managing multi-omics datasets with rich semantics Philippe Rocca-Serra
MIRIAM Registry: annotations and cross referencing framework Camille Laibe
Semantic Systems Biology: enabling integrative biology via Semantic Web technologies Erick Antezana
Ontology-based integration and analysis of phenotypes Robert Hoehndorf
PSICQUIC - Standard access to molecular interaction databases Bruno Aranda
Modeling and Populating a Large Biomedical Knowledge Base for Genome-Scale Analysis Kevin Livingston
The Tree of Life as central unifying concept for the integration of phylogenetic knowledge Rutger Vos
Connecting TOPSAN to Computational Analysis via Semantic Web Technology Chris Zmasek
Large-scale information extraction through text mining Martin Gerner
URI Resolution and Management Service with LOD Pyung Kim

東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」 新領域創成科学特別講義II 2011 summer

講演タイトル 講演者
次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウI
近藤 伸二 (理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター 細胞システムモデル化研究チーム )
次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウIl
近藤 伸二 (理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター 細胞システムモデル化研究チーム )
ゲノムの多重遺伝子群による多様情報の識別と行動制御:匂いとフェロモンI 東原 和成(東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命化学専攻 生物化学研究室 )
ゲノムの多重遺伝子群による多様情報の識別と行動制御:匂いとフェロモンII 東原 和成(東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命化学専攻 生物化学研究室 )
バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系I:下水処理の仕組みと微生物の機能 佐藤 弘泰(東京大学大学院新領域創成科学研究科 社会文化環境学専攻)
バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系II:下水処理微生物群集構造解析手法 佐藤 弘泰(東京大学大学院新領域創成科学研究科 社会文化環境学専攻)
バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系III:高速解析技術により開かれる視界 佐藤 弘泰(東京大学大学院新領域創成科学研究科 社会文化環境学専攻)
ゲノムメチル化とエピジェネティクスI: Unity in Diversity - A Curious Case of DNA Methyltransferases Desirazu Narasimha Rao(Department of Biochemistry, Indian Institute of Science, Professor)
ゲノムメチル化とエピジェネティクスII: Helicobacter pylori Desirazu Narasimha Rao(Department of Biochemistry, Indian Institute of Science, Professor)
ゲノムメチル化とエピジェネティクスIII: DNA Communications by Type III Restriction Enzymes: 1D looping or 3D looping or Both? Desirazu Narasimha Rao(Department of Biochemistry, Indian Institute of Science, Professor)

Workshop on Parallel and Distributed Processing of Large Genome Data February 22, 2011

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講演タイトル 講演者
Managing Very Large Genome Databases Taro L. Saito (Assistant Professor at Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Science, The University of Tokyo)
BioMart: data federation framework Arek Kasprzyk (BioMart project leader at Ontario Institute for Cancer Research (OICR))
How to make a monkey: functional adaptation in the primate genome Rutger Vos (Marie Curie fellow at the University of Reading)
Large-scale Text Mining for Biological Data Goran Nenadic (Senior Lecturer (Associate Professor) in the School of Computer Science, University of Manchester)
GXP and GMount: Two small building blocks for large-scale parallel data Kenjiro Taura (Associate Professor at Department of Information and Communication Engineering)

BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会) 2010.12.07−10

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講演タイトル 講演者
新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには
坊農 秀雅 (DBCLS特任准教授)
情報共有-容易にする技術と動機付ける技術- 大久保 公策 (国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長)
統合DBプロジェクトで見えてきたもの―新センターで解決すべき課題― 高木 利久(東京大学大学院 新領域創成科学研究科 教授)

4省庁(文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省)合同シンポジウム ライフサイエンスの未来へ~10年先のデータベースを考える~ 2010.10.05

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講演タイトル 講演者
「統合に関する現状報告」 郷 通子 (長浜バイオ大学、情報システム研究機構)
「オーミクス研究者から見たデータベース:データ生産者の目線」 伊藤 隆司 (東京大学大学院理学系研究科)
ショウジョウバエ脳の神経画像データベースFlybrain: 15年の蓄積と将来への課題 伊藤 啓 (東京大学分子細胞生物学研究所)
「私はなぜ統合データベースを立ち上げたのか ~ 2050年に向けて」 堀田 凱樹 (情報・システム研究機構)
「バイオマーカー・薬剤作用機序研究におけるデータベースの必要性と課題」 青島 健 (エーザイ株式会社)
「東京大学情報基盤センター 大規模データ解析基盤運用に向けて」 石川 裕 (東京大学情報基盤センター)
「生命科学のための情報統合とテキストマイニング」 辻井 潤一 (東京大学大学院情報学環、マンチェスター大学計算機科)
「医療情報の研究利用について:外国から学べること」 佐藤 雄一郎 (神戸学院大学法学部)
まとめ・閉会の挨拶 高木 利久 (東京大学大学院新領域創成科学研究科、科学技術振興機構)

第48回日本生物物理学会年会 フォーラム「デジタル革命の本当のインパクト」 2010.9.20

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講演タイトル 講演者
デジタル革命の本当のインパクト 大久保 公策 (国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長)
デジタル革命のインパクトと情報共有 渡辺 智暁(クリエイティブ・コモンズ・ジャパン 理事/国際大学グローバルコミュニケーションセンター 主任研究員/講師)
データおよび知識の共有と統合化に向けて 高木 利久(ライフサイエンス統合データベースセンター センター長)

CBI学会2010年大会 2010.09.15-17

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講演タイトル 講演者
コンピュータ技術の進歩と科学へのインパクト【招待講演】 小柳 義夫 (工学院大学情報学部)
大規模遺伝子ネットワーク解析とその応用【招待講演】 松田 秀雄 (大阪大学大学院情報科学研究科)
立体構造情報を用いた蛋白質エナジェティクスの解析 石北 央 (京都大学生命科学系キャリアパス形成ユニット)
改良した主鎖二面角エネルギー項を用いたタンパク質の折りたたみシミュレーションによる二次構造形成の傾向 榮 慶丈 (名古屋大学大学院理学研究科)
遺伝子発現の短データ長時系列データにおける周期性検出法 富永 大介 (産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター)
機械学習によるバイオマーカ遺伝子発見のためのパラメータ選出法の検討 芦原 基起 (中外製薬株式会社)
沖縄先端ゲノムプロジェクトの概要と成果 次世代シーケンサSOLiD4の活用 塚原 正俊 (株式会社トロピカルテクノセンター/沖縄先端ゲノムプロジェクト)
次世代シーケンサーを使ったアピコンプレクサ原虫のトランスクリプトーム解析 若栗 浩幸 (東京大学新領域創成科学科)
Extension of DBTSS with SOLEXA sequences and analysis of bi-directional promoters 山下 理宇 (東京大学医科学研究所)
生きている自然と非線形科学【特別講演】 蔵本 由紀 (京都大学名誉教授)

東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」 新領域創成科学特別講義I 2010 summer

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講演タイトル 講演者
新領域創成科学特別講義:はじめに
小林 一三 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻)
細菌の近縁ゲノム配列比較から見るゲノム進化のダイナミックス
小林 一三 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻)
微生物の病原性関連遺伝子群の情報学的手法による探索
平川 英樹 (かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室)
新型シーケンサーによる細菌ゲノムの比較解析
黒田 誠 (国立感染症研究所 病原体ゲノム解析研究センター )
次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析
伊藤 隆司 (東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻)
次世代シーケンシングによるエピゲノム解析
伊藤 隆司 (東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻)
次世代シークエンサーによるヒトトランスクリプトームの解読
菅野 純夫 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻)
データベース生物学
高木 利久 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 )
ライフサイエンス統合データベースの利用法
河野 信 (情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター )
データ中心時代における知識管理
有田 正規 (東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 )
バイオインフォマティクスさらには生物学の進む道
有田 正規 (東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 )
次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学
服部 正平 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 オーミクス情報センター)
超高速シークエンサーと微生物ゲノム研究の今後
服部 正平 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 オーミクス情報センター)

情報知識学会 第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」 2010.5.15

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講演タイトル 講演者
科学技術コモンズの構築に向けて 岩田 修一 (東京大学 教授)
科学技術コモンズと情報知識学への期待 長尾 真(国立国会図書館 館長)
科学技術コモンズとオープンアクセス 時実 象一 (愛知大学 教授)
ライフサイエンスにおける統合データベースの構築と課題 高木 利久 (DBCLS センター長)
材料科学におけるデータベース共通プラットフォームの開発と課題 芦野 俊宏 (東洋大学 教授)
コモンズ構築と利用のための知識表現 Steven Kraines (東京大学 准教授)
コモンズに関わる法的課題 野口 祐子(クリエイティブ・コモンズ・ジャパン)

日本農芸化学会 2010年度大会 ランチョンセミナー「情報整理術2010 〜文献とデータを賢く管理する〜」 2010.3.29

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講演タイトル 講演者
「文献とデータを賢く管理する」 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
「文献執筆支援ツールの紹介」 山本 泰智(DBCLS 特任研究員)
「生命科学系データベースアーカイブ」 畠中 秀樹(DBCLS 特任准教授)

東北大学グローバルCOE 第10回脳科学GCOEキャリアパスセミナー 2010.1.8

講演タイトル 講演者
生命科学分野のデータベースを統合する仕事:
落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで
坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)

第32回日本分子生物学会年会 フォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」 2009.12.10

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講演タイトル 講演者
なぜ今共有なのか?個人プレーから社会プレーへ 大久保 公策(国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長)
データ秘匿は知財立国を助けるのか? 末吉 亙(潮見坂綜合法律事務所 弁護士)
医学研究におけるプライヴァシーデータの共有を進めるために 佐藤 雄一郎(神戸学院大学 准教授)
賢く著作物を共有する方法(クリエイティブコモンズの使い方) 野口 祐子(NPO法人クリエイティブ・コモンズ・ジャパン/国立情報学研究所 弁護士)
ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み 高木 利久(DBCLS センター長)

第32回日本分子生物学会年会 ワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」 2009.12.10

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講演タイトル 講演者
はじめに 中村 保一(国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 教授)
統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い分子生物学を目指して 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験 岡本 忍(DBCLS 特任准教授/かずさDNA研究所)
ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス 小野 浩雅(日本大学大学院 生物資源科学研究科)
TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築 鐘ヶ江 健(首都大学東京大学院 理工学研究科 助教)
実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会:統合データベースプロジェクトのユーザ評価 高祖 歩美(DBCLS 特任研究員)

第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」 2009.10.31

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講演タイトル 講演者
はじめに 高木 利久(DBCLS センター長)
統合DB プロジェクトのサービス紹介 データベースを役立てよう 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
多様なデータが広く活用されるために 畠中 秀樹(DBCLS 特任准教授)

科学における情報の上手な権利化と共有化 2009.10.5

講演タイトル 講演者
Copyright in the Digital Age and Its Impact on Scientific Data Sharing
(日本語字幕付き)
ローレンス・レッシグ
(Lawrence Lessig, Harvard Law School, Professor)

日本農芸化学会2009年度大会 ランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」 2009.3.28

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講演タイトル 講演者
データ共有が変える日本の生命科学 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
今日から使える!情報検索 lifesciencedb.jp 河野 信(DBCLS 特任研究員)
オープン科学に望まれる制度とは? 大久保 公策(国立遺伝学研究所・DBCLS 教授)

JSBi2008 2008.12.15

講演タイトル 講演者
Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary JSBi2008 仲里 猛留(DBCLS 特任研究員)

岩手大学 第60回COEフォーラム 2008.2.28

講演タイトル 講演者
使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその1 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその2 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその3 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)

JSBi2007 2007.12.17

講演タイトル 講演者
togoTV JSBi2007 河野 信(DBCLS 特任研究員)

統合データベース講習会AJACS 講演・講習動画

AJACS府中 2015.3.5

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講演タイトル 講演者
NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス 箕輪 真理 (NBDC/DBCLS)
DDBJと新型シーケンサ解析パイプラインの使い方 中村 保一 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
データ解析プラットフォーム Galaxy の使い方 大田 達郎 (DBCLS)
遺伝子発現DB・解析ツールの紹介 小野 浩雅 (DBCLS)
RおよびBioconductorを使ったバイオデータ解析 坊農 秀雅 (DBCLS)

AJACSadvanced三島 2015.1.27

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講演タイトル 講演者
統合データベースとDBCLSとは? 坊農 秀雅 (DBCLS)
DDBJ 中村 保一 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
FANTOM5データの再利用法 粕川 雄也 (理化学研究所CLST 機能性ゲノム解析部門 大容量データ管理技術開発ユニット )
NGSデータベース検索 仲里 猛留 (DBCLS)
遺伝子発現データ解析(遺伝子発現リファレンスデータセットRefExの使い方) 小野 浩雅 (DBCLS)
塩基配列データベースの検索とCRISPRターゲット配列設計 内藤 雄樹 (DBCLS)
galaxyによるNGS解析 大田 達郎 (DBCLS)

AJACS岩手 2014.12.5

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講演タイトル 講演者
NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス 箕輪 真理 (DBCLS/NBDC)
KEGG/GenomeNetのWebサービスの紹介 守屋 勇樹 (DBCLS)
DDBJパイプラインとGalaxyによるデータ解析 大田 達郎 (DBCLS)

AJACS十勝 2014.9.12

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講演タイトル 講演者
NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス 櫛田 達矢 (NBDC)
KEGG PATHWAYを中心としたパスウェイデータベースの紹介 河野 信 (DBCLS)
DDBJ Read Annotation Pipeline の紹介と実習 (RNA-Seq配列のde novoアセンブリを中心に) 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
遺伝子発現DB・解析ツールの紹介 小野 浩雅 (DBCLS)

AJACS阿波 2014.8.20

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講演タイトル 講演者
NBDCとNBDCが提供するサービス 櫛田 達矢 (NDBC)
蛋白質立体構造データの使い方 金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所)
KEGG PATHWAYを中心としたKEGG、GenomeNetの使い方及びメタボローム関連データベースの紹介 時松 敏明 (DBCLS)
遺伝子発現DB・解析ツールの紹介 小野 浩雅 (DBCLS)

AJACS信濃 2014.7.17

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講演タイトル 講演者
NBDCとNBDCが提供するサービス 箕輪 真理 (NBDC)
次世代シーケンサー (NGS) と関連するデータベース・ツール 仲里 猛留 (DBCLS)
遺伝子発現DB・解析ツールの紹介 小野 浩雅 (DBCLS)
大規模ゲノムコホート研究に基づく日本人遺伝子変異データベース 日笠 幸一郎 (京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センター )
Cytoscapeを使ったデータの可視化 櫛田 達矢 (NBDC)

AJACS出島 2014.7.3

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講演タイトル 講演者
化合物データベース・パスウェイデータベースの紹介 時松 敏明 (DBCLS)
次世代シーケンスデータの視覚化 佐藤 哲也 (九州大学 生体防御医学研究所 附属生体多階層システム研究センター 助教)

AJACS肥後 2014.1.22,23

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講演タイトル 講演者
ゲノム情報を閲覧・取得し、活用する 坊農 秀雅 (DBCLS)
次世代シーケンサを活用した研究事例と、それを支える公共ツール・データベース その1 大田 達郎 (DBCLS)
次世代シーケンサを活用した研究事例と、それを支える公共ツール・データベース その2 大田 達郎 (DBCLS)
タンパク質立体構造データベースと分子構造表示ソフトの使い方 川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)

AJACS駿河 2013.11.6

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講演タイトル 講演者
KEGG/GenomeNetの利用法 守屋 勇樹 (京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター )
既存データベースを活用したタンパク質実験・構造データの探し方 西方 公郎 (理化学研究所 情報基盤センター 統合データベース特別ユニット)

AJACS富山 2013.8.30

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講演タイトル 講演者
データベースの統合はなぜ必要か? 高木 利久 (東京大学大学院 新領域創成科学研究科)
次世代シーケンスデータベースSequenceReadArchiveを利用する 大田 達郎 (DBCLS)
次世代シーケンサーを用いたHLA遺伝子の配列決定 細道 一善 (国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門)
DDBJと新型シーケンサ解析パイプラインの使い方 中村 保一 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)

AJACS琉球 2013.7.31

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講演タイトル 講演者
ゲノムアノテーション 〜真核生物を中心に〜 阿部 貴志 (新潟大学工学部 情報工学科)
化合物データベースとウェブツールの利用法 植木 雅史 (理化学研究所 長田抗生物質研究室)
遺伝子発現DB・解析ツールの紹介 小野 浩雅 (DBCLS)

AJACS岐阜 2013.7.12

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講演タイトル 講演者
NBDCヒトデータ共有ガイドラインとヒトバリエーションデータベースの紹介 川嶋 実苗 (NBDC)
生物ゲノムアノテーションツールMiGAP 黒川 顕 (東京工業大学地球生命研究所)

AJACS本郷13 第4回統合牧場収穫祭 2013.3.22

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講演タイトル 講演者
第4回統合牧場収穫祭 はじめに・統合牧場とは @iNut (DBCLS)
統合TVつくりません? @Go_with_twill (DBCLSリサーチアシスタント)
ライフサイエンスのラの字くらいしかわからない仔牛が統合牧場のRAになったら @TRYalFarm (DBCLSリサーチアシスタント)
オレの統合TV見て (」・ω・)」うー! @poconim (DBCLSリサーチアシスタント)
牧場活動記2012 @E_in_the_field (DBCLSリサーチアシスタント)
誰もがアクセスできる質の高いコンテンツを作る @riv7 (DBCLSリサーチアシスタントOG)
統合TVの作製をちょっと楽にするはずだった @Taizo_Ayase (DBCLSリサーチアシスタント)
Ahne! 研究者を繋げる @ahneahneahne (DBCLSリサーチアシスタント)
牧場でのお仕事と研究者のデザイン @ono_e (DBCLSリサーチアシスタント)
新着論文レビューをテキストマイニング3.0: Q @tabris2012 および@gackelNL (DBCLSリサーチアシスタント)
Perlと私と牧場と @Pankakoski (DBCLSリサーチアシスタント)
知のめぐりの良い統合牧場RAのたった一つの心得 @bonohu(DBCLS)
The Origin of Farm @dritoshi
第4回統合牧場収穫祭 飛び入りゲストトーク @wakuteka (DBCLSリサーチアシスタントOB)
次世代おもろい話 @iNut 改め 統合亭犬太郎(DBCLS)

AJACS駿河 2013.1.12,13

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講演タイトル 講演者
DDBJパイプラインによる高速シーケンスデータ解析 中村 保一 (国立遺伝学研究所 )
主要なDB (DDBJ、PDBj、KEGG)の使い方 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
KNApSAcKファミリーデータベースの利用方法:医食同源、食品からのメタボロミクス! 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科)

統合データベース高校特別講習 2012.9.15

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講演タイトル 講演者
私が「情報生命」という新しい分野に挑戦しているわけ 高木 利久(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授/科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 副センター長)

AJACSみちのく2 2012.8.23

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講演タイトル 講演者
R+Bioconductorを使ったNGS解析1 二階堂 愛(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)
R+Bioconductorを使ったNGS解析2 二階堂 愛(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター)

AJACS名古屋 2012.7.27

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講演タイトル 講演者
DDBJパイプラインによる高速シーケンスデータ解析 長崎 英樹(国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 )

AJACS本郷12 第三回統合牧場収穫祭 2012.3.16

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講演タイトル 講演者
第三回統合牧場収穫祭開会の辞 大田 達郎(DBCLS)
実験家見習いが覗く統合牧場 ~私にも!こんなに使える統合TV~ @_junk_0(DBCLS リサーチアシスタント)
統合TVを作成するお仕事 ~ツールを選んでから統合TVができるまで~ @Go_with_twill (DBCLS リサーチアシスタント)
統合TVの制作現場から @Taizo_Ayase(DBCLS リサーチアシスタント)
統合TV雑話 @Mozk_(DBCLS リサーチアシスタント)
Trac or tweet! ~もしくはCSCWで協働プロジェクト~ 岡本 忍(DBCLS)
来たれソムリエ!次世代型統合TVへの挑戦 坊農 秀雅(DBCLS)
公共データベースから必要なデータを抽出して使いやすくするだけの簡単なお仕事 @meguu(DBCLS リサーチアシスタント)
ここはひとつ統合DB的活動を統合する方向で 中村 保一 (国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター)
新着論文レビューをテキストマイニング1.0:序 @tabris2012(DBCLS リサーチアシスタント)
新着論文レビューをテキストマイニング2.0:破 @gackelNL(DBCLS リサーチアシスタント)
オレがiPhone持ってドヤ顔するまで @gentlementatu(DBCLS リサーチアシスタント)
牧場でのテキスト切り 落穂拾い 仲里 猛留(DBCLS)

AJACS本郷11 2012.3.2

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講演タイトル 講演者
NBDCの紹介 畠中 秀樹(NBDC)
DBCLSのサービス紹介・使い方紹介 川本 祥子(DBCLS)
DDBJのサービス紹介 中村 保一(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター )
PDBjのサービス・使い方紹介 工藤 高裕(大阪大学蛋白質研究所)
KEGG、GenomeNetのサービス・利用法 時松 敏明(京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター )

AJACS本郷10 2012.2.10

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講演タイトル 講演者
ライフサイエンスデータベース統合推進事業の取り組み 坂東 明日佳(NBDC)
NBDCの三大サービス(カタログ、横断検索、アーカイブ)の紹介 櫛田 達矢(NBDC)
DBCLSの活動の紹介 河野 信(DBCLS)
BodyParts3D/アナトモグラフィーの使い方 藤枝 香(DBCLS)
DBCLS Galaxy/TogoDBの使い方 山口 敦子(DBCLS)

AJACS本郷9 2011.7.15

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講演タイトル 講演者
データベースを統合する活動の今までとこれから
高祖 歩美(バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) )
データベースを探す・検索する・ダウンロードする
三橋 信孝(バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC))
文献情報関連サービスの活用法 山本 泰智(DBCLS)
HeliScope CAGE法について
伊藤 昌可(理化学研究所 オミックス基盤研究領域(OSC) )
Sequence Read Archives(SRA)の活用術:その統計と検索
仲里 猛留(DBCLS)
RefSeqの検索とRefEX (Reference Expression dataset)
内藤 雄樹(DBCLS)

AJACS本郷8 2011.3.18

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講演タイトル 講演者
統合データベースプロジェクトと統合牧場 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
統合TVのコンテンツを作る仕事 @maoringo(DBCLS リサーチアシスタント)
ライフサイエンス分野のイラスト集を作る仕事 @riv7(DBCLS リサーチアシスタント)
次世代シーケンサのデータ解析 技術開発編 @mickey24(DBCLS リサーチアシスタント)
国内外のデータベースを網羅する仕事 @wakuteka(DBCLS リサーチアシスタント)
文献データベースと実験データベースをつなげる仕事 @meguu(DBCLS リサーチアシスタント)
文献情報を分析する仕事 @y_benjo(DBCLS リサーチアシスタント)

AJACSみちのく 2010.8.4,5

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講演タイトル 講演者
統合TVを使い倒す〜統合TV Curatedの紹介〜 小野 浩雅(DBCLS 特任技術専門員)
統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜 河野 信(DBCLS 特任研究員)
次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
ゲノム情報の可視化 岡本 忍(DBCLS 特任准教授)
遺伝子発現データベースの活用法 小野 浩雅(DBCLS 特任技術専門員)
R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析 和田 智(埼玉医科大学 総合医療センター 助教)

AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京 2010.6.23,24

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講演タイトル 講演者
統合データベースプロジェクトの紹介 高祖 歩美(DBCLS 特任研究員)
統合データベースのサービス紹介〜カタログ・アーカイブ・横断検索を中心に〜 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
文献執筆支援ツールの紹介 山本 泰智(DBCLS 特任研究員)
遺伝子発現情報を使い倒す〜統合TVを使い倒す〜 小野 浩雅(DBCLS 特任技術専門員)
遺伝子発現情報を使い倒す〜発現統合のサービスを使い倒す〜 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜 @iNut(DBCLS リサーチアシスタント)
BodyParts3D/Anatomographyの利用法 三橋 信孝(DBCLS 特任研究員)
DBCLS Galaxyの利用法 山口 敦子(DBCLS 特任准教授)
DDBJ の紹介 中村 保一(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 教授)
配列データの検索 中村 保一(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 教授)
SAKURAを用いた塩基配列登録の方法 小菅 武英(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター アノテータ)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン〜 神沼 英里(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 助教)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサアーカイブDB〜 児玉 悠一(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター アノテータ)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜 望月 孝子(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター エンジニア)
相同性検索と系統解析 〜BLASTとClustalW〜 中村 保一(国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 教授)

AJACS湘南3 2010.6.4

講演タイトル 講演者
統合データベース講習会: KazusaMartの使い方 藤澤 貴智(かずさDNA研究所 研究員)

統合データベース講演会 in 明治薬科大学 2010.5.12

講演タイトル 講演者
統合データベース講演会〜統合データベースプロジェクト:
オープンで知のめぐりの良い創薬研究を目指して〜
坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)

AJACS本郷6 2010.3.19

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講演タイトル 講演者
「はじめに:統合データベースプロジェクトとは?」 坊農 秀雅 (DBCLS 特任准教授)
「データベースカタログ・横断検索を維持する仕事」 林 和弘(DBCLS リサーチアシスタント)
「データベースカタログ・横断検索を維持する仕事」2 横山 貴央(DBCLS リサーチアシスタント)
「蛋白質核酸酵素のテキストデータを自然言語処理する仕事」 吉田 康久 (DBCLS リサーチアシスタント)
「twitterとライフサイエンス分野の橋渡しをする仕事」 @mickey24 (DBCLS リサーチアシスタント)
「統合TVのコンテンツを作る仕事」 奥田 裕樹(DBCLS リサーチアシスタント)
「統合TVのシステムを良くする仕事」 @y_benjo(DBCLS リサーチアシスタント)
「in silicoな実験を広める仕事」 @iNut(DBCLS リサーチアシスタント)

AJACSりんくう 2009.11.6

講演タイトル 講演者
生物アイコン 坂東 明日佳 (DBCLS 特任技術専門員)
科学データは誰のものか 大久保 公策(国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長/DBCLS 教授)
FANTOM4プロジェクトに見る次世代シーケンサの可能性とデータベース 川路 英哉(理化学研究所 オミックス基盤研究領域)
DNAデータベースの使い方 小笠原 理 (国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 助教)

AJACS蝦夷2 2009.9.7,8

講演タイトル 講演者
データベースからの生命科学< 瀬々 潤(お茶の水女子大学 理学部情報科学科 准教授)

AJACS長津田 2009.1.23

講演タイトル 講演者
統合データベースプロジェクトとは? 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
アナトモグラフィー/BodyParts3Dの利用法 藤枝 香(DBCLS 特任技術専門員)
遺伝子発現データの活用事例 小野 浩雅(DBCLS リサーチアシスタント)
生命科学横断検索の利用法 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
自然言語処理技術の活用実例 仲里 猛留(DBCLS 特任研究員)

AJACS博多 2008.10.18

講演タイトル 講演者
科学データは誰のものか? 大久保 公策(国立遺伝学研究所 教授)
ライフサイエンス用語の意味推定 佐藤 賢二(金沢大学大学院 自然科学研究科 准教授)
KEGG Atlas と KAAS アノテーション 〜 KEGG における最近の開発から 五斗 進(京都大学 化学研究所バイオインフォマティクスセンター 准教授)
Kazusa Annotation Suiteの活用 中村 保一(かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室 室長)

AJACS本郷1 2008.7.3

講演タイトル 講演者
統合データベースプロジェクトとは 高木 利久(DBCLS センター長)
使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)
生命科学横断検索の利用法 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
アナトモグラフィー 三橋 信孝(DBCLS 特任研究員)
OReFiL とAllie 山本 泰智(DBCLS 特任研究員)
DBCLS 独自サービス「目次」、「カタログ」系の使いこなし術/教育・人材育成のリソース紹介他 坊農 秀雅(DBCLS 特任准教授)

AJACS東京 2008.3.5

講演タイトル 講演者
統合データベースへの期待 樋口 千洋(大日本住友製薬)
かずさにおける新しいアノテーションの試み 岡本 忍(かずさDNA研究所)

統合データベース講演会 in 長浜バイオ大学 2008.1.25

講演タイトル 講演者
ライフサイエンス分野の統合DBプロジェクト 川本 祥子(DBCLS 特任准教授)
テキスト処理して生命科学 山本 泰智(DBCLS 特任研究員)

JSTバイオインフォマティクス推進センター(BIRD) ゲノムリテラシー講座

YouTube版再生リスト

講演タイトル 講演者
【ゲノムリテラシー講座】バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説(講義1) 2009.7.25 加藤 毅(お茶の水女子大学)
【ゲノムリテラシー講座】バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説(講義2) 2009.7.25 加藤 毅(お茶の水女子大学)
【ゲノムリテラシー講座】バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説(講義3) 2009.7.25 加藤 毅(お茶の水女子大学)
【ゲノムリテラシー講座】生命体の成り立ちと情報の流れ(講義1) 2009.8.29 山口 由美 (理化学研究所)
【ゲノムリテラシー講座】生命体の成り立ちと情報の流れ(講義2) 2009.8.29 山口 由美 (理化学研究所)
【ゲノムリテラシー講座】ヒト遺伝子データベースの活用法(講義3) 2009.8.29 山口 由美 (理化学研究所)
【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析/システム生物学入門(講義1) 2010.9.7 竹本 和広 (JSTさきがけ)
【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析/システム生物学入門(講義2) 2010.9.7 竹本 和広 (JSTさきがけ)
【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析/システム生物学演習(講義3) 2010.9.7 竹本 和広 (JSTさきがけ)
【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎(講義1) 2009.9.12 川端 猛 (奈良先端科学技術大学院大学)
【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎(講義2) 2009.9.12 川端 猛 (奈良先端科学技術大学院大学)
【ゲノムリテラシー講座】タンパク質立体構造解析(講義3) 2009.9.12 川端 猛 (奈良先端科学技術大学院大学)
【ゲノムリテラシー講座】分子生物学データベース(講義1) 2009.9.26 村上 勝彦 (社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム)
【ゲノムリテラシー講座】分子生物学データベース(講義2) 2009.9.26 村上 勝彦 (社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム)
【ゲノムリテラシー講座】分子系統解析(講義3) 2009.9.26 村上 勝彦 (社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム)
【ゲノムリテラシー講座】トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門(講義1) 2010.9.28 油谷 幸代 (産業技術総合研究所)
【ゲノムリテラシー講座】トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門(講義2) 2010.9.28 油谷 幸代 (産業技術総合研究所)
【ゲノムリテラシー講座】トランスクリプトーム解析基礎演習(講義3) 2010.9.28 油谷 幸代 (産業技術総合研究所)

バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース 2014.9.1-12

YouTube版再生リスト

講演タイトル 講演者
【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-1. OS、ハード構成、1-2. ネットワーク基礎 中村 保一 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 教授)
【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-3. UNIX I〜UNIXの基礎の理解、Linux導入 仲里 猛留 (ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) )
【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-3. UNIX I(続)〜UNIXの基礎の理解、Linux導入 仲里 猛留 (ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) )
【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-4. スクリプト言語(シェルスクリプト) 服部 恵美 (アメリエフ株式会社 )
【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-4. スクリプト言語(Perl) 服部 恵美 (アメリエフ株式会社 )
【NGS速習コース】2. 配列インフォマティクス〜2-1. 配列解析基礎 坊農 秀雅 (ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) )
【NGS速習コース】2. 配列インフォマティクス〜2-2. バイオ系データベース概論 小野 浩雅 (ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) )
【NGS速習コース】3. データ解析基礎〜3-1. R基礎1、3-2. R基礎2、3-3. R各種パッケージ 門田 幸二 (東京大学大学院農学生命科学研究科 特任准教授)
【NGS速習コース】3. データ解析基礎〜3-4. R bioconductor I、3-5. R bioconductor II 門田 幸二 (東京大学大学院農学生命科学研究科 特任准教授)
【NGS速習コース】4. 次世代シークエンサ〜4-3. 次世代シークエンサ実習I 山口 昌男 (アメリエフ株式会社)
【NGS速習コース】4. 次世代シークエンサ〜4-4. 次世代シークエンサ実習II 河岡 慎平 (国際電気通信基礎技術研究所(ATR) 主任研究員)
【NGS速習コース】6. 分子生命科学〜6-1. 分子生命科学概論、6-2. オミクス概論、6-3. 遺伝/進化概論 河岡 慎平 (国際電気通信基礎技術研究所(ATR) 主任研究員)
【NGS速習コース】5. ゲノム関連の倫理・法律〜5-1. ゲノム情報倫理概論 箕輪 真理 (バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) )
【NGS速習コース】4. 次世代シークエンサ〜4-4. 次世代シークエンサ実習II (Reseq解析) 山口 昌男 (アメリエフ株式会社)
【NGS速習コース】4. 次世代シークエンサ〜4-4. 次世代シークエンサ実習II (RNA-seq解析) 山口 昌男 (アメリエフ株式会社)