アミノ酸配列の比較や系統樹を描きたいとき

番組タイトル 概要 作成日
タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す ~発展編~ Strapの発展的な使い方の説明 2013.4.24
タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す ~基本編~ Strapの基本的な使い方の説明 2013.2.27
ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる2012 ラウス肉腫ウィルス由来タンパク質配列を宿主細胞のゲノム上の領域から検索 2012.10.30
CLC Sequence Viewerを使い倒す~配列入手から系統樹作成まで~ 入手した配列によるマルチプルアラインメント作成および系統樹作成 2010.4.5
aLeavesとMAFFTを使ってアミノ酸配列収集と系統樹推定を行う アミノ酸配列データベースから類似タンパク質を収集し、配列のクラスタリング→取捨選択→アラインメント→系統樹推定を行う。 2014.2.28

タンパク質のモチーフやドメインを知りたいとき

番組タイトル 概要 作成日
InterProを使ってアミノ酸配列からタンパク質の機能を予測する アミノ酸配列からドメイン・モチーフ・リピート構造などを予測する 2015.2.27
PDBj Mineを使ってタンパク質を検索する XMLに基づいたタンパク質構造検索サービス 2011.1.12
万見(Yorodumi)の使い方~基本と連携~ タンパク質立体構造ビューア 2010.8.2
eProtS(タンパク質構造百科事典)の使い方 生物学的に重要なタンパク質の構造と機能についての解説 2010.7.28
分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 応用編 Chimeraを用いたタンパク質立体構造の詳細解析 2010.6.29
分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 Chimeraの導入と基本的な使い方 2010.6.8
Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる タンパク質ドメイン検索 2010.5.7
鎌状赤血球症を引き起こす変異ヒトヘモグロビンをJmolで確認する 鎌状赤血球症を引き起こすSNPによるアミノ酸の違いの確認 2009.7.21
PyMOLを使い倒す タンパク質の中から条件に合う原子の選択法、原子間の距離や角度・二面角の測定方法およびアミノ酸の置換法 2009.7.7
NCBIの構造ツールを使いこなす タンパク質立体構造データおよび配列相同性の検索 2009.6.25
PyMOLを使ってタンパク質の構造を見る 分子ビューアPyMOLの導入と基本的な使い方 2009.6.17
InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する 問い合わせ配列のタンパク質ファミリーおよびドメイン構成およびモチーフの推測 2009.6.4
signalPでタンパク質のシグナル配列を予測する タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測する 2011.7.26

タンパク質の高次構造がしりたいとき

番組タイトル 概要 作成日
PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる~応用編~ スクリプト操作によりタンパク質の立体構造を調べる 2014.1.22
PDBのUnreleased Entriesから未発表のタンパク質構造情報を調べる PDBのUnreleased Entriesから未発表のタンパク質構造情報を調べる 2013.6.6
MMDBを使ってタンパク質の構造を知る タンパク質やRNAの3次元構造のデータペースMMDBの使い方 2012.11.05
CueMol2でタンパク質の構造を見る ~応用編・2~ CueMol2を用いて「分子表面の生成」「溶媒接触表面など分子の断面の生成」「APBSによる静電ポテンシャルマップの生成」「分子重ね合わせ」方法の紹介 2012.7.13
CueMol2でタンパク質の構造を見る ~応用編・1~ CueMol2を用いて「原子間の距離を測る、原子間の相互作用を点線で表す」「Object, Renderer, Camera のコピー&ペースト」「POV-Rayで分子モデルをレンダリングする」方法の紹介 2012.7.12
CueMol2でタンパク質の立体構造を見る・2 CueMol2を用いて「分子モデルを着色する」「分子モデルのプロパティを変更し外見を調整する」機能の紹介 2011.9.13
CueMol2でタンパク質の立体構造を見る CueMol2を用いて「分子を表示する」「モデルを操作する」機能の紹介 2011.9.12
RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011 ブラウザ上でのタンパク質の立体構造の検索 2011.8.30
RCSB PDBを使って立体構造の特集記事を読む Molecule of the Monthの読み方および過去記事の閲覧方法 2009.4.28

タンパク質の細胞内での局在を予測したいとき

番組タイトル 概要 作成日
Human Protein Atlasを使って組織・細胞におけるタンパク質発現情報を調べる 2011 ヒト組織・ガン細胞・細胞株におけるタンパク質の発現情報 2011.1.13

タンパク質の機能解析をしたいとき

番組タイトル 概要 作成日
生体分子の熱力学・構造データベースProTherm&ProNITの使い方 タンパク質立体構造の熱力学的性質を解析 2010.7.20
TogoProtの使い方~検索と連携~ タンパク質の構造と機能を複数のデータベースを横断して検索 2010.7.6

相互機能するタンパク質を調べたいとき

番組タイトル 概要 作成日
STRINGの使い方 ~応用編~ タンパク質の相互作用ネットワークの整理 2010.6.9
STRINGの使い方 ~基本編~ タンパク質の相互作用ネットワークを検索 2010.6.2

タンパク質の構造予測を行いたいとき

番組タイトル 概要 作成日
SOSUIとTMHMMを使って膜タンパク質の膜貫通領域を予測する タンパク質の膜タンパク判別および膜貫通領域の予測 2009.9.3
COILSとPaircoil2を使ってコイルドコイル構造を予測する アミノ酸配列からコイルドコイル構造を予測 2009.5.19
Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009 マルチプルアラインメントの結果からタンパク質の二次構造予測 2009.4.15